Det övergripande syftet med naturreservatet är att bevara biologisk mångfald, vårda, återställa och bevara värdefulla naturmiljöer och tillgodose behovet av områden för friluftslivet.

Det preciserade syftet med naturreservatet Örnsätraskogen är att:

• bevara områdets äldre barrblandskog, bäckmiljö och glupmiljö samt den biologiska mångfald som förekommer i dessa miljöer,
• låta den mindre del av området som idag utgörs av avverkad mark återställas till naturskog,
• inom ramen för bevarandet av biologisk mångfald och naturmiljöer tillgodose behovet av ett attraktivt skogsområde, som ännu kan förknippas med Linnés arbete i fält och det vetenskapshistoriska värdet av detta, för allmänhetens friluftsliv och naturupplevelse.